تُعد أكاديمية نادي النجوم من القطاعات المهمة داخل النادي، حيث تهدف إلى اكتشاف وتنمية المواهب الكروية في المراحل السنية المختلفة، وإعداد اللاعبين فنيًا وبدنيًا تمهيدًا لتصعيد المميزين إلى الفريق الأول أو الاحتراف في الأندية المختلفة.
وتركز الأكاديمية على التدريب وفق أساليب حديثة، مع الاهتمام بالجوانب التعليمية والسلوكية للاعبين، بما يساهم في تكوين جيل قادر على المنافسة في كرة القدم المصرية.